РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ СОБСТВЕННОСТИ
ГОСУДАРСТВЕННАЯ РЕГИСТРАЦИЯ ПРОГРАММЫ ДЛЯ ЭВМ

Номер регистрации (свидетельства): 2016611901

Дата регистрации: 12.02.2016

Номер и дата поступления заявки: 2015662357 16.12.2015

Дата публикации: 20.03.2016
	
Авторы:
Урошлев Леонид Андреевич,
Туманян Владимир Гаевич

Правообладатель:
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта Российской академии наук (ИМБ РАН)

Название программы для ЭВМ:
«LGS (local geometry solver)»

Реферат:
Программа предназначена для замыкания коротких полипептидных циклов в белковых структурах. Замыкание производится с помощью модифицированного метода Го и Шераги. Область применения программы: ликвидация пропусков полипептидной цепи в белковых структурах, анализ локальной геометрии белков. Функциональные возможности программы: для замыкания цикла в полипептидной структуре, используются два различных подхода — перебор двух пар двугранных углов на регулярной сетке с шагом в один градус и оптимизация этих же пар двугранных углов с помощью метода Поуэлла. Пользователь задает интересующий его PDB-файл и номер аминокислоты, которая соответствует началу замыкаемого цикла. Программа же возвращает четверку углов фи и пси, полученных в ходе перебора и другую четверку углов фи и пси, полученных в ходе оптимизации. Для ускорения работы, в особенности метода перебора по сетки, программа разрабатывалась для запуска в несколько параллельно работающих потоков. Количество потоков определяется пользователем при старте программы. Эта особенность позволяет значительно сократить время работы программы при работе на многопроцессорном кластере.

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC - совмест. ПК

Язык программирования: Python 2.7

Вид и версия операционной системы: Unix-подобные системы

Объем программы для ЭВМ: 16 977 байт