РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ СОБСТВЕННОСТИ
ГОСУДАРСТВЕННАЯ РЕГИСТРАЦИЯ ПРОГРАММЫ ДЛЯ ЭВМ

Номер регистрации (свидетельства): 2016661824

Дата регистрации: 21.10.2016

Номер и дата поступления заявки: 2016619064 23.08.2016

Дата публикации: 20.11.2016

Контактные реквизиты:
andrei.matveev@unipat.pu.ru
	
Авторы:
Гуревич Алексей Александрович,
Савельев Владислав Владимирович,
Михеенко Алла Александровна

Правообладатель:
федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный университет" (СПбГУ)

Название программы для ЭВМ:
«Программа для оценки качества сборки геномных последовательностей "QUAST"» (QUAST)

Реферат:
Программа применяется для оценивания качества сборки геномных последовательностей. Программа выполняет следующие функциональные шаги: предварительную проверку и коррекцию входных данных, подсчет базовых метрик качества (количество фрагментов, длина наибольшего фрагмента, суммарная длина каждой сборки, N50, GC-состав), выравнивание сборок на референсную геномную последовательность (при наличии), поиск и маркировку ошибок сборок на основе результатов выравнивания, поиск возможных функциональных фрагментов в сборках (генов и оперонов), группировку результатов оценки качества в виде текстовых таблиц, графиков, интерактивных HTML-отчетов. Программа оценивает качество сборки по более чем 50 параметрам, позволяет сравнить несколько сборок одновременно и выбрать наилучшую для каждого вида входных данных. Оценка качества сборок является важным промежуточным шагом в различных биоинформатических задачах, таких как создание финишной версии геномной последовательности, аннотация геномных сборок и других. Программа может применяться в биоинформатике.

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC - совмест. ПК

Язык программирования: Python; С++; Perl; JavaScript

Вид и версия операционной системы: Linux; Mac OS X

Объем программы для ЭВМ: 28 Мб