РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ СОБСТВЕННОСТИ
ГОСУДАРСТВЕННАЯ РЕГИСТРАЦИЯ ПРОГРАММЫ ДЛЯ ЭВМ

Номер регистрации (свидетельства): 2016661838

Дата регистрации: 21.10.2016

Номер и дата поступления заявки: 2016619048 23.08.2016

Дата публикации: 20.11.2016

Контактные реквизиты:
andrei.matveev@unipat.pu.ru
	
Авторы:
Гуревич Алексей Александрович,
Савельев Владислав Владимирович,
Михеенко Алла Александровна

Правообладатель:
федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Санкт-Петербургский государственный университет" (СПбГУ)

Название программы для ЭВМ:
«Программа для оценки качества сборки метагеномных последовательностей "MetaQUAST"» (MetaQUAST)

Реферат:
Программа применяется для оценивания качества метагеномных сборок и определения видового состава метагеномов. Программа выполняет следующие функциональные шаги: предварительную проверку и коррекцию входных данных, определение видового состава метагеномов с помощью специфических последовательностей 16S рРНК и скачивание референсных геномов из открытой базы NCBI (в случае, если референсные геномы не предоставляются пользователем), подсчет базовых метрик качества, выравнивание сборок на комбинированную геномную последовательность, поиск и маркировку ошибок сборок на основе результатов выравнивания, поиск возможных функциональных фрагментов в сборках (генов и оперонов), разбиение сборок на фрагменты, соответствующие каждому референсному геному, выравнивание полученных фрагментов сборок на индивидуальные референсы. Результаты оценки качества для каждого референса, также как и комбинирование результаты, предоставляются в виде текстовых таблиц, графиков, удобных интерактивных HTML-отчетов. Программа может применяться в биоинформатике.

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC-совмест. ПК

Язык программирования: Python, JavaScript

Вид и версия операционной системы: Linux; Mac OS X

Объем программы для ЭВМ: 121 Мб