РОССИЙСКАЯ ФЕДЕРАЦИЯ
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ СОБСТВЕННОСТИ
ГОСУДАРСТВЕННАЯ РЕГИСТРАЦИЯ ПРОГРАММЫ ДЛЯ ЭВМ

Номер регистрации (свидетельства): 2016663584

Дата регистрации: 13.12.2016

Номер и дата поступления заявки: 2016661287 25.10.2016

Дата публикации: 10.01.2017

Контактные реквизиты:
нет
	
Авторы:
Шаров Вадим Витальевич,
Путинцева Юлия Андреевна,
Кузьмин Дмитрий Александрович

Правообладатель:
Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Сибирский федеральный университет»

Название программы для ЭВМ:
Программа для индексирования геномных последовательностей большого размера методом «FM-index» на графических ускорителях

Реферат:
Программа предназначена для индексирования последовательностей строк (контигов, суммарная длина может достигать 30 млрд. символов), которые представляют собой геном какого-либо организма. Индексирование контигов выполняется для реализации быстрого, не точного поиска множества подстрок (ридов). Такой поиск используется при решении различных задач биоинформатики. В программе предложена модификация алгоритма «FM-index». Ускорение индексирования реализовано посредством распараллеливания этапа сортировки алгоритма под архитектуру графических ускорителей. Программа требует объем ОЗУ равный 5Х от размера входного файла. Область применения - анализ геномных данных. Программа позволяет: работать с файлами последовательностей генома (контигами) в формате *. fasta; преобразовывать входной файл в индекс, размер которого может варьироваться в зависимости от частоты выборки индекса, который указывает пользователь (чем больше частота выборки, тем быстрее будет осуществляться поиск в индексе, но его размер будет увеличен и обратно); работать в параллельном режиме; использовать в вычислениях графический ускоритель; формировать статистический отчет и отчет об ошибках.

Тип реализующей ЭВМ: IBM PC совмест. ПК на базе процессора Intel Xeon Е5-2690; сервер

Язык программирования: С++

Вид и версия операционной системы: Linux, Cent OS

Объем программы для ЭВМ: 36 Кб